Atomistica WORKSHOPS
Nauka za budućnost
Od atoma do svojstava: uvod u atomističke proračune
Zadatak 5
Uticaj strukture na energiju vezivanja molekula H₂
Uvod
U atomističkom modelovanju, interakcije između različitih sistema imaju ključnu ulogu u razumevanju brojnih procesa – od skladištenja gasova i razvoja novih materijala, do bioloških i industrijskih aplikacija.
U opštem slučaju, kada se razmatraju interakcije između sistema, definišu se dva osnovna pojma:
- adsorber – struktura na koju se nešto vezuje
- adsorbat – molekul ili čestica koja se vezuje
Primeri interakcija između adsorbera i adsorbata su brojni, na primer:
- interakcija između dva molekula
- interakcija između molekula i čvrste (periodične) površine
- interakcija između molekula i polimera
- interakcija između molekula i nanostruktura (npr. grafen, fulereni)
Razumevanje ovih interakcija je od suštinskog značaja za dizajn materijala sa željenim svojstvima, kao što su katalizatori, senzori, sistemi za skladištenje energije i filtraciju.
Jedan od osnovnih načina za kvantifikaciju ovih interakcija jeste računanje energije vezivanja (binding energy), koja opisuje koliko je energetski povoljno da se dva sistema nalaze u međusobnoj interakciji.
U opštem slučaju, energija vezivanja se računa kao:
$$
E_{bind} = E_{system} – (E_{adsorber} + E_{adsorbate})
$$
gde su:
\(E_{\mathrm{bind}}\) – energija vezivanja,
\(E_{\mathrm{system}}\) – energija kombinovanog sistema,
\(E_{\mathrm{adsorber}}\) – energija strukture koja adsorbuje i
\(E_{\mathrm{adsorbate}}\) – energija strukture koja se adsorbuje.
Tumačenje:
- negativna vrednost → stabilna interakcija
- što je vrednost negativnija → interakcija je jača
U ovom zadatku se ispituju adsorpciona svojstva tri različite strukture prema molekulu H2:
- Koronen (često se koristi kao model grafena)
- Sumanen
Dakle, u ovom zadatku, adsorberi su koronen i sumanen, dok je adsorbat molekul H2. Suštinski, cilj je da se ispita kako geometrija sistema utiču na interakciju sa molekulom H2.
Proračuni
Koristeći atomistica.online i Online xTB kalkulator, za svaki od tri sistema sprovesti sledeće:
Koraci:
Dobijanje energija adsorbera:
- Učitati .xyz fajl adsorbera (molekuli koronena i sumanen):
- koronen (COR.xyz) / sumanen (SUM.xyz)
- Izvršiti na svakom fajlu:
- Task: Optimization
- Metod: GFN2-xTB
- Analizom rezultujućih output fajlova, zabeležiti:
- TOTAL ENERGY (\(E_{\mathrm{adsorber}}\))
Dobijanje energija adsorbata:
- Učitati .xyz fajl adsorbata (molekula H₂, H2.xyz)
- Izvršiti:
- Task: Optimization
- Metod: GFN2-xTB
- Analizom rezultujućeg output fajla, zabeležiti:
- TOTAL ENERGY (\(E_{\mathrm{adsorbate}}\))
Dobijanje energija intermolekulskog sistema (adsober + adsorbat)
- Učitati .xyz fajlove intermolekulskih sistema:
- H₂ + odgovarajući adsorber (COR_H2.xyz, SUM_H2.xyz)
- Izvršiti na svakom fajlu:
- Task: Optimization
- Metod: GFN2-xTB
- Analizom rezultujućih output fajlova, zabeležiti:
- TOTAL ENERGY (\(E_{\mathrm{system}}\))
Rezultati
Upotrebom relacije:
$$
E_{bind} = E_{system} – (E_{adsorber} + E_{adsorbate})
$$
i rezaltata dobijenih proračunima, popuniti tabelu:
Sistem | \( E_{system}\ \text{[kcal/mol]} \) | \( E_{adsorber}\ \text{[kcal/mol]} \) | \( E_{adsorbate}\ \text{[kcal/mol]} \) | \( E_{bind}\ \text{[kcal/mol]} \) |
|---|---|---|---|---|
\( \text{Koronen} + \mathrm{H}_2 \) | ||||
\( \text{Sumae} + \mathrm{H}_2 \) |
Napomena o energetskim jedinicama
xTB program prikazuje sve ukupne energije u jedinicama Hartree (Eh). Međutim, u naučnoj literaturi i većini studija adsorpcije, energije vezivanja (adsorpcije) se najčešće izražavaju u kilokalorijama po molu (kcal mol⁻¹). U ovom slučaju, važi sledeća konverzija:
1 Hartree (Eh) = 627.509474 kcal/mol
Dakle, da biste neku energetsku razliku (na primer, energiju adsorpcije) izrazili u kcal mol⁻¹, potrebno je da vrednost u Hartree jedinicama pomnožite sa 627.509474. Na primer:
0.010 Eh × 627.509474 = 6.28 kcal/mol
Pitanja
- Koji sistem pokazuje jaču interakciju?
- Kako zakrivljenost molekula (sumanen) utiče na interakciju sa H₂?
- Zašto zakrivljeni sistem (sumanen) može imati jaču interakciju?
- Kako bi mogli uticati na jačinu interakcije H2 sa grafenom?
