Atomistica WORKSHOPS

Nauka za budućnost

Od atoma do svojstava: uvod u atomističke proračune

Zadatak 5

Uticaj strukture na energiju vezivanja molekula H₂

Uvod

U atomističkom modelovanju, interakcije između različitih sistema imaju ključnu ulogu u razumevanju brojnih procesa – od skladištenja gasova i razvoja novih materijala, do bioloških i industrijskih aplikacija.

U opštem slučaju, kada se razmatraju interakcije između sistema, definišu se dva osnovna pojma:

  • adsorber – struktura na koju se nešto vezuje
  • adsorbat – molekul ili čestica koja se vezuje

Primeri interakcija između adsorbera i adsorbata su brojni, na primer:

  • interakcija između dva molekula
  • interakcija između molekula i čvrste (periodične) površine
  • interakcija između molekula i polimera
  • interakcija između molekula i nanostruktura (npr. grafen, fulereni)

Razumevanje ovih interakcija je od suštinskog značaja za dizajn materijala sa željenim svojstvima, kao što su katalizatori, senzori, sistemi za skladištenje energije i filtraciju.

Jedan od osnovnih načina za kvantifikaciju ovih interakcija jeste računanje energije vezivanja (binding energy), koja opisuje koliko je energetski povoljno da se dva sistema nalaze u međusobnoj interakciji.

U opštem slučaju, energija vezivanja se računa kao:

$$
E_{bind} = E_{system} – (E_{adsorber} + E_{adsorbate})
$$

gde su:

\(E_{\mathrm{bind}}\) – energija vezivanja,
\(E_{\mathrm{system}}\) – energija kombinovanog sistema, 
\(E_{\mathrm{adsorber}}\) – energija strukture koja adsorbuje i 
\(E_{\mathrm{adsorbate}}\) – energija strukture koja se adsorbuje.

Tumačenje:

  • negativna vrednost → stabilna interakcija
  • što je vrednost negativnija → interakcija je jača

U ovom zadatku se ispituju adsorpciona svojstva tri različite strukture prema molekulu H2:

  • Koronen (često se koristi kao model grafena)
  • Sumanen

Dakle, u ovom zadatku, adsorberi su koronen i sumanen, dok je adsorbat molekul H2. Suštinski, cilj je da se ispita kako geometrija sistema utiču na interakciju sa molekulom H2.

Proračuni

Koristeći atomistica.online i Online xTB kalkulator, za svaki od tri sistema sprovesti sledeće:

Koraci:

Dobijanje energija adsorbera:

  1. Učitati .xyz fajl adsorbera (molekuli koronena i sumanen):
    • koronen (COR.xyz) / sumanen (SUM.xyz)
  2. Izvršiti na svakom fajlu:
    • Task: Optimization
    • Metod: GFN2-xTB
  3. Analizom rezultujućih output fajlova, zabeležiti:
    • TOTAL ENERGY (\(E_{\mathrm{adsorber}}\))

Dobijanje energija adsorbata:

  1. Učitati .xyz fajl adsorbata (molekula H₂, H2.xyz)
  2. Izvršiti:
    • Task: Optimization
    • Metod: GFN2-xTB
  3. Analizom rezultujućeg output fajla, zabeležiti:
    • TOTAL ENERGY (\(E_{\mathrm{adsorbate}}\))

Dobijanje energija intermolekulskog sistema (adsober + adsorbat)

  1. Učitati .xyz fajlove intermolekulskih sistema:
    • H₂ + odgovarajući adsorber (COR_H2.xyz, SUM_H2.xyz)
  2. Izvršiti na svakom fajlu:
    • Task: Optimization
    • Metod: GFN2-xTB
  3. Analizom rezultujućih output fajlova, zabeležiti:
    • TOTAL ENERGY (\(E_{\mathrm{system}}\))

Rezultati

Upotrebom relacije:

$$
E_{bind} = E_{system} – (E_{adsorber} + E_{adsorbate})
$$

i rezaltata dobijenih proračunima, popuniti tabelu:

Sistem

\( E_{system}\ \text{[kcal/mol]} \)

\( E_{adsorber}\ \text{[kcal/mol]} \)

\( E_{adsorbate}\ \text{[kcal/mol]} \)

\( E_{bind}\ \text{[kcal/mol]} \)

\( \text{Koronen} + \mathrm{H}_2 \)

\( \text{Sumae} + \mathrm{H}_2 \)

Napomena o energetskim jedinicama

xTB program prikazuje sve ukupne energije u jedinicama Hartree (Eh). Međutim, u naučnoj literaturi i većini studija adsorpcije, energije vezivanja (adsorpcije) se najčešće izražavaju u kilokalorijama po molu (kcal mol⁻¹). U ovom slučaju, važi sledeća konverzija:

1 Hartree (Eh) = 627.509474 kcal/mol

Dakle, da biste neku energetsku razliku (na primer, energiju adsorpcije) izrazili u kcal mol⁻¹, potrebno je da vrednost u Hartree jedinicama pomnožite sa 627.509474. Na primer:

0.010 Eh × 627.509474 = 6.28 kcal/mol

Pitanja

  1. Koji sistem pokazuje jaču interakciju?
  2. Kako zakrivljenost molekula (sumanen) utiče na interakciju sa H₂?
  3. Zašto zakrivljeni sistem (sumanen) može imati jaču interakciju?
  4. Kako bi mogli uticati na jačinu interakcije H2 sa grafenom?
    1.