Atomistica WORKSHOPS

Nauka za budućnost

Od atoma do svojstava: uvod u atomističke proračune

Zadatak 3

Geometrijska optimizacija i vibraciona analiza 2

Uvod

U prethodnom zadatku analiziran je primer molekula kod koga su sve vibracione frekvencije bile pozitivne, što ukazuje na stabilno stanje (stanje karakterisano minimumom energije).

U ovom zadatku posmatra se drugačiji slučaj – molekul kod koga se pojavljuje negativna (imaginarna) frekvencija, što ukazuje da struktura nije u pravom minimumu energije.

Kao primer koristi se Rhodamine B, organska boja koja se široko koristi u industriji (npr. tekstilnoj i laserskim tehnologijama), ali se takođe javlja kao polutant u životnoj sredini, posebno u vodi.

Proračuni

Koristeći atomistica.online i Online xTB kalkulator, sprovesti sledeće korake:

Koraci:

  1. Učitati .xyz fajl molekula Rhodamine B (rhodamine_b.xyz)
  2. Izabrati:
    • Task: Optimization + Frequencies
  3. Izabrati metod:
    • GFN2-xTB
  4. Pokrenuti proračun
  5. Nakon završetka pronaći u rezultujućem .out fajlu deo koji se odnosi na vibracione frekvencije (vibrational frequencies):

Rezultati

U tabelu prekopirati deo .out fajla koji sadrži informacije o vibracionim frekvencijama.

Deo .out fajla koji sadrži informacije o vibracionim frekvencijama

 

Pitanja

  1. Da li se pojavljuje negativna (imaginarna) frekvencija?
  2. Šta pojava negativne frekvencije govori o dobijenoj strukturi?
  3. Da li se ova struktura može smatrati stabilnom?
  4. Uporediti sa prethodnim zadatkom, koja je ključna razlika između dva slučaja?
  5. Kako se može “rešiti” situacija kada se pojavi imaginarna frekvencija?
  6.